Chlorheksydyna (CHX) wykazuje właściwości bakteriostatyczne, bakteriobójcze i grzybobójcze. Mechanizm działania: poprzez zwiększenie przepuszczalności ściany komórkowej bakterii powoduje jej lizę. Niektóre opracowania naukowe wskazują na jej działanie przeciwko takim wirusom, jak: grypa A, parainfluenza, Herpes typu 1, wirus cytomegalii i wirus zapalenia wątroby typu B (na podstawie badań in vitro). Wirusobójcze działanie CHX pozostaje dyskusyjne. Faktem jest, że obecnie nadal pozostaje ona określana jako najskuteczniejsza substancja aktywna stosowana w płukankach. Została bardzo wszechstronnie przebadana, z zastosowaniem wielu różnych metod. Dlatego też często porównuje się jej skuteczność z innymi substancjami aktywnymi zawartymi w płukankach. Jest zatem traktowana jako standard.
