Uznanie roli środowiska mikrobiologicznego przewodu pokarmowego w etiopatogenezie wielu jednostek chorobowych, a także jego krytycznego znaczenia w modulowaniu głównymi szlakami sygnałowymi związanymi z utrzymywaniem homeostazy głównych ramion polaryzacji immunologicznej stało się podstawą do coraz szerszego wykorzystywania drobnoustrojów w celach terapeutycznych. Biorąc pod uwagę długotrwałe zaburzenia mikrobiologiczne, które obserwuje się już po 7 dniach kuracji szerokowidmowym lekiem przeciwbakteryjnym, wdrażanie działań naprawczych ukierunkowanych na optymalizację warunków panujących w jelicie jest obecnie warunkiem koniecznym skutecznej i bezpiecznej farmakoterapii. W artykule podsumowano aktualną wiedzę na temat racjonalnej probiotykoterapii w trakcie i po zakończeniu kuracji antybiotykowej, zasad doboru szczepów probiotycznych i problemów wynikających z jakości preparatów probiotycznych dostępnych na polskim rynku.